Espainiako auzitegiek Altsasu Auziagatik jarritako zigorra bete du Jonanek. Lau terrorismo deliturengatik, 50 urteko espetxe zigorra eskatu zuen fiskaltzak hasieran Jonanendako. Espainiako Auzitegi Nazionalak 9 urteko espetxe zigorra ezarri zizkion, 3 urte agintearen agenteen kontrako delituagatik eta 6 hiru lesio delituengatik. Epaitegi bereko apelazio salak zigorra berretsi zuen. Azkenik, Espainiako Auzitegi Gorenak 7,5 urteko zigorra ezarri zion, 2,5 eta 5 urte delitu bakoitzagatik. Espainiako epaitegietako bidea 2019ko lastailaren 9an itxiko zen.
Guardia Civilak bitan atxilotu zuen Jonan. Aurrena 2016ko azaroaren 16an. 36 egun preso egon ondoren epaiketaren zain baldintzapean aske utzi zuten. Hurrena 2018ko garagarrilaren 5ean. 2021eko garagarrilaren 22tik zigorra kalean betetzen ari zen, kontrol neurriak betez. Preso egon zen bitartean Alcala Meco, Soto del Real eta Zaballa espetxeetan izan zuten. Guztira 2.696 egun egin ditu zigorpean.